全基因组表达谱芯片全面解决方案

  基因组学，是研究生物基因组和如何利用基因的一门学问。该学科提供基因组信息以及相关数据系统利用，试图解决生物、医学、工业领域、食品与农业等领域的重大问题。
全基因组表达谱是指全基因组的转录水平。通过全基因组表达谱研究，加以生物信息学分析，能够解析出在特定条件下（疾病、药物刺激等）整个基因组哪些基因的表达水平上调或下调。生命体是一个复杂的系统，生命活动的调控往往不是单一基因完成的，需要站在宏观（全基因组）层面上研究基因互作。
全基因组表达谱芯片能够快速、高通量、特异性地完成全基因组表达谱研究，是全基因组表达谱研究的首选技术手段。
一、技术路线和方法：

二、生物信息学分析
2.1 基本数据分析
Part01：原始数据预处理与均一化
Part02：差异基因筛选
Part03：聚类分析（层次聚类、K-means聚类）
Part04：差异基因GO分类
Part05：差异基因pathway分析
Part06：基因互作网络构建（Network）
2.2 高级数据分析
Part08：转录因子结合位点分析（对植物）
Part09：数据驱动网络构建（对多个时间点）
Part10：疾病分型
Part11：疾病预测模型构建
Part12：基因表达趋势显著性分析
三、芯片平台

芯片平台 （Human）	型号	转录本数量	规格	货号
Affymetrix	Human Genome U133 Plus 2.0 Array	47000条(包含38500个基因)	1×	BT1000111
Agilent	SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60K	27958条mRNA	8×60K	BT1000112
		7419条lincRNA
Agilent	Agilent Whole Human Genome Oligo Microarray	41,000条	4×44K	BT1000113
Roche-NimbleGen	Homo sapiens 12x135K Array	45033条	12×135K	BT1000114
Illumina	Human-12T Beadchip	48804条	12×	BT1000115
华联	人类表达谱芯片v5	30,275条(包含1088条控制探针)	1×	BT1000116

芯片平台 （RAT）	型号	转录本数量	规格	货号
Affymetrix	Rat Genome 230 2.0 Array	31000条(包含28000个基因)	1×	BT1000131
Agilent	Agilent SurePrint G3 Rat Gene Expression 8x60K	30003条	8×60K	BT1000132
Agilent	Agilent Whole Rat Genome Oligo Microarray	41012条	4×44K	BT1000133
Roche-NimbleGen	Rattus norvegicus 12x135K Array	26419条	12×135K	BT1000134
华联	大鼠表达谱芯片v1	25338条(包含980条控制探针)	1×	BT1000135

芯片平台 （Mouse）	型号	转录本数量	规格	货号
Affymetrix	Mouse Genome 430 2.0 Array	39000条(包含34000个基因)	1×	BT1000121
Agilent	SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8x60K	39430条mRNA	8×60K	BT1000122
		16251条lincRNA
Agilent	Agilent Whole Mouse Genome Oligo Microarray	41174条	4×44K	BT1000123
Illumina	Illumina Mouse WG-6expression beadchips	45200条	6×	BT1000124
Roche-NimbleGen	Mus musculus 12x135K v2 Array	44170条	12×135K	BT1000125
华联	小鼠表达谱芯片v2	27295条(包含872条控制探针)	1×	BT1000126

注：其他种类芯片请联系公司销售工程师
四、完成时间
2个月，（其中生物信息分析1个月）
所有版权及解释权归BIOTREE公司所有！