清华大学医学院成立于 2001 年 10 月 25 日 ，首任院长由我国著名医学科学家、两院院士吴阶平教授担任。
医学院目前包括生物医学工程系，将成立医学系和药学系，培养临床医学、基础医学、药学、生物学、生物医学工程专业的学生。
依托清华大学作为综合性大学的整体优势，医学院致力于培养具备人文社会科学、自然科学、基础医学及临床医学等相关基础理论知识，既掌握临床技能又具备科学研究能力，能在医学领域从事研究、医疗服务、教学及管理的医学科学家、高级临床医生、医学教育工作者和医学高级管理人才。医学生学制 8 年，学生完成学业，成绩优良者将获得医学博士学位（ M.D. ）。
生物医学工程系充分发挥清华大学工科优势，推进工程技术与医学的紧密结合，2007年被教育部评为一级学科重点学科，《医学图像》、《数字信号处理》等课程建成清华大学首批精品课。
医学院充分利用清华的师资和实验室条件，完成相关理工学科基础教学任务，逐步建立起一套比较完整、先进的基础及临床医学的教学体系，吸取国内外先进的教学体系及教学方法的成功经验，部分课程采用英语授课。为此，医学院除了将在国内招聘著名的医学教授和著名医生外，还努力从国内外招聘优秀的中青年医学人才。已经引进施一公、程京、吴清玉、左焕琮、刘国松、孙方霖、张林琦、颜宁等一批知名教授和学者。此外，我院还将继续聘请海内外一批著名的教授和医生担任我院的客座教授和顾问。
医学院于2005年9月与解放军总医院（301医院）签订合作协议，商定301医院成为清华大学医学院的临床教学医院，第一批聘请22位知名专家作为清华大学的兼职教授，并在科学研究领域开展广泛合作。
为使我校在 2011 年前能跻身于国际一流大学之林，校领导已明确提出 “ 要争取在信息、纳米及生命科学上有所突破 ” 这一战略目标。在当今的新的发展形势下，为加强和促进我校生命科学与医学的发展及其与其它工程学科间的交叉合作，清华大学于 2004 年 1 月成立 “ 清华大学生命科学与医学研究院 ” 。其主要职能是将分散于全校各院系的有关生命科学、医学及相关的工程学科统一组织和协调起来，建立若干研究所（或研究平台），以利于大跨度的学科交叉和取得重大科技成果。
2004年4月，原信息产业部401和402医院更名为清华大学第一和第二附属医院。我校还将积极筹建一所高水平综合性的新附属医院。